Tallinna Kalju Baptistikogudus, Tartu Kolgata Baptistikogudus ja Kõrgem Usuteaduslik Seminar ostsid selle koha 30.12.1991. Kohapealseks asjaajajaks oli Johannes Saard. Eesti EKBK-Liidule anti Nuutsaku Õppe- ja Puhkekeskus üle 11.09.1995 aastal.
Nuutsaku Puhkekeskus sellisena, nagu seda täna tunneme, sai alguse 1. aprillil 2005 mil kompleksi haldamise võttis enda kanda Valduste OÜ.
Selle ajaga oleme jõudnud palju renoveerida ja juurde ehitada – lastel on nüüd seiklusraja, batuudi ja mängulinnaku näol rohkem lustimisvõimalusi kui iial varem ning suuremadki ei pea igavust tundma – järv paadi, kanuude ja ilusa rannaga ootab päevitajaid, jalgrattad ja minigolfiväljak aktiivsemaid puhkajaid. Kuna Nuutsaku Puhkekeskus on eelkõige tükike Jumala paradiisist, siis hoiame alal meeled selgena– territoorium on nii suitsu- kui alkoholivaba.
Vabatahtlikena on meid talgutööde korras aidanud mitmed kogudused Eestist ning igal aastal on praktilistel töödel abis grupp ameeriklasi.